Филиал КГТУ им. И. Раззакова в г. Кызылкыя создан приказом МНОиК КР за № 170 \ 1 от 29.05.1996 года с целью подготовки высококвалифицированных специалистов горного профиля для Южного региона Республики, Кызылкийским филиалом Кыргызского Горно- металлургического института.
С образованием Кыргызского Государственного горного университета, постановление Ученого совета КГГУ от 23.123.2004г. и приказа Ректора КГГУ от 24.01.2005г. за № 01/16 филиал был преобразован в Южный институт горного дела, транспорта, экономики и коммуникации (ЮИГДТЭК).
Позже после вхождения в состав КГТУ (Указ Президента КР от 03. 05.2005г. «О создании Кыргызского государственного технического университета») решением Ученого совета КГТУ им. И. Раззакова от 08. 12. 2006 г. (протокол №3) приказом ректора № 1 \ 208 от 12.12. 2006 г. функционировал как Кызылкийский институт природопользования и геотехнологии КГТУ им. И. Раззакова.
С 01. 09. 2015 г. ( Указа Президента КР от 21.01.2013 г. №11, «Об оптимизации образовательной системы в соответствии Национальной стратегией устойчивого развития Кыргызской Республики на 2013 —
2017 гг.»), решением Ученого совета КГТУ им. И . Раззакова от 30.07. 2015 г. и приказ ректора КГТУ им. И. Раззакова «Об открытии филиалов» от 01.09.2015 г. Ведет деятельность как филиал КГТУ им. И. Раззакова в г. Кызылкыя Баткенской области.