Научно-исследовательская работа на кафедре ведется по 2 направлениям: «Применение информационных технологий и методов математического моделирования в отраслях народного хозяйства» и «Проблемы и перспективы информационной безопасности в условиях Кыргызской Республики».
Коллективом кафедры с 2003 года выполнены 4 научные проекты по кафедральной научной тематике, финансированные из государственного бюджета в сумме 3 млн 400 тыс. сомов и по хоздоговору с государственными предприятиями разработаны и внедрены 6 программные комплексы, и получены им авторские свидетельства о государственной регистрации программ для ЭВМ:
- Разработка и внедрение программного обеспечения автоматизированных систем для административных правонарушений ОБДД ГУВД г. Бишкек и ГУБДД МВД Кыргызской Республики в режиме On-Line (2009 г.);
- Разработка и внедрение программных комплексов автоматизированных систем для технического осмотра автомототранспортных средств ГУБДД МВД КР и приема налогов на движимое имущество через филиалы ГП «Кыргыз почтасы» в режиме On-Line (2010 г.);
- Разработка и внедрение автоматизированной системы по выплате пенсий, пособий и компенсаций через филиалы ГП «Кыргыз почтасы» в режиме On-Line (2012 г.).
По результатам научных исследований защищены 4 кандидатские диссертации (Курманалиевой Р.Н., Кукановой Р.А., Манапбаев И.К., Тынышова Т.Д.) и опубликованы более 120 научных статей, выпущены 4 монографии (Муралиев А.М., Манапбаев И.К., Курманалиевой Р.Н., Кукановой Р.А.).